Add GPU strong scaling measurement files
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parent
1696d72a6f
commit
075d11b948
@ -1,6 +1,9 @@
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generate-batch-strong-cpu:
|
generate-batch-strong-cpu:
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python scripts/substitute.py strong-batch.j2 < strong-cpu.json
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python scripts/substitute.py strong-batch.j2 < strong-cpu.json
|
||||||
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generate-batch-strong-gpu:
|
||||||
|
python scripts/substitute.py strong-batch.j2 < strong-gpu.json
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clean-logs:
|
clean-logs:
|
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rm logs/*
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rm logs/*
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12312
experiments/eval/data/strong-gpu-timings.json
Normal file
12312
experiments/eval/data/strong-gpu-timings.json
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
8
experiments/eval/data/strong-gpu.tsv
Normal file
8
experiments/eval/data/strong-gpu.tsv
Normal file
@ -0,0 +1,8 @@
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|
label nodes tasks mean_time std_time speedup speedup_std
|
||||||
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1 1 1 157.5217688 0.5311809049610176 1.0 0.003372111099358209
|
||||||
|
1 1 2 120.15237200000001 0.299200156243067 1.3110167213344732 0.004420894037456185
|
||||||
|
1 1 4 75.69762635 0.5769735213369493 2.0809340582447473 0.007017140834839633
|
||||||
|
2 2 8 52.110670325 0.940887445857671 3.022831366735062 0.010193323203255446
|
||||||
|
4 4 16 28.215493675000005 0.5598524922936691 5.582811012077745 0.018825858979446598
|
||||||
|
8 8 32 12.422501156249998 0.31940690526235005 12.680358554102268 0.04275957782413007
|
||||||
|
16 16 64 7.70770194375 0.04068644910316383 20.43693048194875 0.06891560011499148
|
||||||
|
@ -27,6 +27,7 @@ if __name__ == "__main__":
|
|||||||
scaling_spec = {
|
scaling_spec = {
|
||||||
"label": lambda job: job["accounting"][0]["nodes"]["count"],
|
"label": lambda job: job["accounting"][0]["nodes"]["count"],
|
||||||
"nodes": lambda job: job["accounting"][0]["nodes"]["count"],
|
"nodes": lambda job: job["accounting"][0]["nodes"]["count"],
|
||||||
|
"tasks": lambda job: job["accounting"][0]["tasks"]["count"],
|
||||||
"mean_time": lambda job: job["means"]["TimeStep"],
|
"mean_time": lambda job: job["means"]["TimeStep"],
|
||||||
"std_time": lambda job: job["stds"]["TimeStep"],
|
"std_time": lambda job: job["stds"]["TimeStep"],
|
||||||
"speedup": lambda job: jobs[0]["means"]["TimeStep"] / job["means"]["TimeStep"],
|
"speedup": lambda job: jobs[0]["means"]["TimeStep"] / job["means"]["TimeStep"],
|
||||||
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|||||||
34
experiments/eval/scripts/generate-strong-gpu-configs.py
Executable file
34
experiments/eval/scripts/generate-strong-gpu-configs.py
Executable file
@ -0,0 +1,34 @@
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|||||||
|
#!/usr/bin/env python
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import copy
|
||||||
|
import json
|
||||||
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|
||||||
|
from pathlib import Path
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SIZE = [384, 384, 384]
|
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|
||||||
|
with (Path(__file__).parent.parent / "templates" / "strong-gpu.json").open(encoding="utf8") as f:
|
||||||
|
template = json.load(f)
|
||||||
|
|
||||||
|
configs = [
|
||||||
|
[ 1, 1, 1],
|
||||||
|
[ 1, 1, 2],
|
||||||
|
[ 1, 2, 2],
|
||||||
|
[ 2, 2, 2],
|
||||||
|
[ 2, 2, 4],
|
||||||
|
[ 2, 4, 4],
|
||||||
|
[ 4, 4, 4],
|
||||||
|
[ 4, 4, 8],
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
out_path = Path(__file__).parent.parent / "generated" / "config"
|
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for c in configs:
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||||||
|
nc = copy.deepcopy(template)
|
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|
nc["Geometry"]["blockcount"] = c
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|
nc["Geometry"]["blocksize"] = [bs // bc for bc, bs in zip(c, SIZE)]
|
||||||
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||||||
|
nc_out_path = out_path / f"strong-gpu-{c[0]:02}-{c[1]:02}-{c[2]:02}.json"
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||||||
|
print(f"Dumping {(c[0] * c[1] * c[2])} to {nc_out_path}")
|
||||||
|
with nc_out_path.open("w", encoding="utf8") as f:
|
||||||
|
json.dump(nc, f)
|
||||||
63
experiments/eval/strong-gpu.json
Normal file
63
experiments/eval/strong-gpu.json
Normal file
@ -0,0 +1,63 @@
|
|||||||
|
{
|
||||||
|
"common": {
|
||||||
|
"account": "cellsinsilico",
|
||||||
|
"partition": "gpus",
|
||||||
|
"extra_sbatch_line": "#SBATCH --gres=gpu:4",
|
||||||
|
"logfile_path": "/p/project/cellsinsilico/paulslustigebude/ma/experiments/eval/logs/%x-%A.%a",
|
||||||
|
"nastja_binary_path": "/p/project/cellsinsilico/paulslustigebude/nastja/build-cuda/nastja",
|
||||||
|
"config_path": "/p/project/cellsinsilico/paulslustigebude/ma/experiments/eval/generated/config/${SLURM_JOB_NAME}.json",
|
||||||
|
"output_dir_path": "/p/scratch/cellsinsilico/paul/nastja-out/${SLURM_JOB_NAME}-${SLURM_ARRAY_JOB_ID}.${SLURM_ARRAY_TASK_ID}"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"batches": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-01-01-01",
|
||||||
|
"nodes": 1,
|
||||||
|
"tasks": 1,
|
||||||
|
"time": "00:15:00",
|
||||||
|
"extra_sbatch_line": "#SBATCH --gres=gpu:1"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-01-01-02",
|
||||||
|
"nodes": 1,
|
||||||
|
"tasks": 2,
|
||||||
|
"time": "00:15:00",
|
||||||
|
"extra_sbatch_line": "#SBATCH --gres=gpu:2"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-01-02-02",
|
||||||
|
"nodes": 1,
|
||||||
|
"tasks": 4,
|
||||||
|
"time": "00:15:00"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-02-02-02",
|
||||||
|
"nodes": 2,
|
||||||
|
"tasks": 8,
|
||||||
|
"time": "00:15:00"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-02-02-04",
|
||||||
|
"nodes": 4,
|
||||||
|
"tasks": 16,
|
||||||
|
"time": "00:15:00"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-02-04-04",
|
||||||
|
"nodes": 8,
|
||||||
|
"tasks": 32,
|
||||||
|
"time": "00:15:00"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-04-04-04",
|
||||||
|
"nodes": 16,
|
||||||
|
"tasks": 64,
|
||||||
|
"time": "00:15:00"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"name": "strong-gpu-04-04-08",
|
||||||
|
"nodes": 32,
|
||||||
|
"tasks": 128,
|
||||||
|
"time": "00:15:00"
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
|
}
|
||||||
263
experiments/eval/templates/strong-gpu.json
Normal file
263
experiments/eval/templates/strong-gpu.json
Normal file
@ -0,0 +1,263 @@
|
|||||||
|
{
|
||||||
|
"Application": "Cells",
|
||||||
|
"CellsInSilico": {
|
||||||
|
"2D": false,
|
||||||
|
"adhesion": {
|
||||||
|
"matrix": [
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 450.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0],
|
||||||
|
[0.0, 450.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 50.0]
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"polarityenabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"centerofmass": {
|
||||||
|
"steps": 1
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"cleaner": {
|
||||||
|
"killdistance": 0,
|
||||||
|
"steps": 100
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"contactinhibition": {
|
||||||
|
"enabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"division": {
|
||||||
|
"condition": [
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"( volume >= 0.9 * volume0 ) & ( rnd() <= 0.00001 ) & generation < 1"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"enabled": true,
|
||||||
|
"halveSignals": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"dynamicecm": {
|
||||||
|
"alpha": 2.0,
|
||||||
|
"beta": 0.5,
|
||||||
|
"c": 4.0,
|
||||||
|
"deltat": 0.10000000149011612,
|
||||||
|
"ecmCellID": 0,
|
||||||
|
"enabled": true,
|
||||||
|
"eta": 0.25,
|
||||||
|
"k0": 0.10000000149011612,
|
||||||
|
"k1": 0.10000000149011612,
|
||||||
|
"lambda": 10.0,
|
||||||
|
"phi": 1.0,
|
||||||
|
"pushSteps": 10,
|
||||||
|
"pushWeight": 0.5,
|
||||||
|
"stepsPerMcs": 100
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ecmdegradation": {
|
||||||
|
"enabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"energyfunctions": [
|
||||||
|
"Volume00",
|
||||||
|
"Surface01",
|
||||||
|
"Motility00",
|
||||||
|
"Adhesion01",
|
||||||
|
"DynamicECM00"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"liquid": 6,
|
||||||
|
"logcellproperties": {
|
||||||
|
"enabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"orientation": {
|
||||||
|
"enabled": true,
|
||||||
|
"motility": "persistentRandomWalk",
|
||||||
|
"motilityamount": [
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"numRandomNumbers": 5,
|
||||||
|
"persistenceMagnitude": 0.0,
|
||||||
|
"persistentDecay": 0.8,
|
||||||
|
"recalculationtime": 200
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"polarity": {
|
||||||
|
"enabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"signaling": {
|
||||||
|
"constant": false,
|
||||||
|
"enabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"surface": {
|
||||||
|
"default": {
|
||||||
|
"storage": "const",
|
||||||
|
"value": 400.0
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lambda": [
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
5.625,
|
||||||
|
5.625,
|
||||||
|
1.0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"sizechange": [
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
-0.05,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"temperature": 50.0,
|
||||||
|
"visitor": {
|
||||||
|
"checkerboard": "01",
|
||||||
|
"stepwidth": 10
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"volume": {
|
||||||
|
"default": {
|
||||||
|
"storage": "const",
|
||||||
|
"value": 500.0
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lambda": [
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
7.5,
|
||||||
|
7.5,
|
||||||
|
7.5
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"sizechange": [
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
-0.05,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0,
|
||||||
|
0.0
|
||||||
|
]
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"DefineFunctions": [
|
||||||
|
"r_angle()=360*rnd()",
|
||||||
|
"r_size()=400*rnd()"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"Filling": {
|
||||||
|
"cells": [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"box": [
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
384,
|
||||||
|
384,
|
||||||
|
384
|
||||||
|
]
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"celltype": 0,
|
||||||
|
"component": 0,
|
||||||
|
"pattern": "const",
|
||||||
|
"seed": 0,
|
||||||
|
"shape": "cube",
|
||||||
|
"value": 0
|
||||||
|
},
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"box": [
|
||||||
|
[117, 117, 177],
|
||||||
|
[267, 267, 267]
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"celltype": 9,
|
||||||
|
"center": [192, 192, 192],
|
||||||
|
"component": 0,
|
||||||
|
"count": 5500,
|
||||||
|
"pattern": "voronoi",
|
||||||
|
"radius": 75,
|
||||||
|
"seed": 758960,
|
||||||
|
"shape": "sphere",
|
||||||
|
"value": 8
|
||||||
|
}
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"initialoutput": false,
|
||||||
|
"randomseed": 758959
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Geometry": {
|
||||||
|
"blockcount": [
|
||||||
|
4,
|
||||||
|
4,
|
||||||
|
3
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"blockdefault": "fill",
|
||||||
|
"blocksize": [
|
||||||
|
96,
|
||||||
|
96,
|
||||||
|
128
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"blocktype": [
|
||||||
|
[
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1
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},
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"Settings": {
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"deltat": 1.0,
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"deltax": 1.0,
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"handleFPE": "signal",
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"logger": {
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"group": 0,
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"steps": 100
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},
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"randomseed": 42,
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"statusoutput": 1,
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"timestepguard": 1,
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"timesteps": 5,
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"cuda": {
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"subblocks": {
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"blockDim": [8, 8, 8]
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}
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}
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}
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}
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