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4661646b4f
commit
b36d8a748d
24
experiments/batch/julian-animation
Normal file
24
experiments/batch/julian-animation
Normal file
@ -0,0 +1,24 @@
|
|||||||
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
|
||||||
|
#SBATCH --job-name=julian-animation
|
||||||
|
#SBATCH --account=hkf6
|
||||||
|
#SBATCH --partition=booster
|
||||||
|
#SBATCH --nodes=8
|
||||||
|
#SBATCH --ntasks=32
|
||||||
|
# Counted per node
|
||||||
|
#SBATCH --gres=gpu:4
|
||||||
|
#SBATCH --time=03:30:00
|
||||||
|
#SBATCH --output=logs/%x-%A_%a.log
|
||||||
|
#SBATCH --error=logs/%x-%A_%a.log
|
||||||
|
|
||||||
|
SOURCE_DIR=/p/project/cellsinsilico/paulslustigebude
|
||||||
|
OUTPUT_DIR="/p/scratch/cellsinsilico/paul/nastja-out/${SLURM_JOB_NAME}"
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "outdir is ${OUTPUT_DIR}"
|
||||||
|
|
||||||
|
mkdir -p "${OUTPUT_DIR}"
|
||||||
|
source "${SOURCE_DIR}/activate-nastja-modules"
|
||||||
|
|
||||||
|
srun --unbuffered "${SOURCE_DIR}/nastja/build-cuda/nastja" \
|
||||||
|
-c "${SOURCE_DIR}/ma/experiments/configs/${SLURM_JOB_NAME}.json" \
|
||||||
|
-o "${OUTPUT_DIR}"
|
||||||
0
experiments/batch/measurements/.gitkeep
Normal file
0
experiments/batch/measurements/.gitkeep
Normal file
330
experiments/configs/julian-animation.json
Normal file
330
experiments/configs/julian-animation.json
Normal file
@ -0,0 +1,330 @@
|
|||||||
|
{
|
||||||
|
"Comments": [
|
||||||
|
"Celltype Usage",
|
||||||
|
"0 Dynamic ECM",
|
||||||
|
"1-5 Not Used",
|
||||||
|
"6 Liquid ",
|
||||||
|
"7 Apoptotic cell Type ",
|
||||||
|
"8 Basic Non Dividing Cell type (surrounding)",
|
||||||
|
"9 Cancer"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"Application": "Cells",
|
||||||
|
"CellsInSilico": {
|
||||||
|
"ecmdegradation": {
|
||||||
|
"enabled": "false",
|
||||||
|
"steps": 99999,
|
||||||
|
"stochastic": "true",
|
||||||
|
"probability": 0.5
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"energyfunctions": [
|
||||||
|
"Volume00",
|
||||||
|
"Surface01",
|
||||||
|
"Motility00",
|
||||||
|
"Adhesion01",
|
||||||
|
"DynamicECM00"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"liquid": 6,
|
||||||
|
"volume": {
|
||||||
|
"default": {
|
||||||
|
"storage": "const",
|
||||||
|
"value": 500
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lambda": [
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
7.5,
|
||||||
|
7.5,
|
||||||
|
7.5
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"sizechange": [
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
-0.05,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"surface": {
|
||||||
|
"default": {
|
||||||
|
"storage": "const",
|
||||||
|
"value": 400
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lambda": [
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
5.625,
|
||||||
|
5.625,
|
||||||
|
1
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"sizechange": [
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
-0.05,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"adhesion": {
|
||||||
|
"matrix": [
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
450
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
],
|
||||||
|
[
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
450,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
50
|
||||||
|
]
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"temperature": 50,
|
||||||
|
"division": {
|
||||||
|
"enabled": "true",
|
||||||
|
"condition": [
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"",
|
||||||
|
"( volume >= 0.9 * volume0 ) & ( rnd() <= 0.00001 ) & generation < 1"
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"centerofmass": {
|
||||||
|
"steps": 1
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"signaling": {
|
||||||
|
"enabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"orientation": {
|
||||||
|
"enabled": true,
|
||||||
|
"motility": "persistentRandomWalk",
|
||||||
|
"persistenceMagnitude": 0.0,
|
||||||
|
"recalculationtime": 200,
|
||||||
|
"motilityamount": [
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
0
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"visitor": {
|
||||||
|
"stepwidth": 10,
|
||||||
|
"checkerboard": "01"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"cleaner": {
|
||||||
|
"killDistance": 20
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"dynamicecm": {
|
||||||
|
"enabled": true,
|
||||||
|
"stepsPerMcs": 100,
|
||||||
|
"pushSteps": 10,
|
||||||
|
"pushWeight": 2,
|
||||||
|
"ecmCellID": 0,
|
||||||
|
"deltat": 0.1,
|
||||||
|
"eta": 0.25,
|
||||||
|
"k0": 0.1,
|
||||||
|
"k1": 0.1,
|
||||||
|
"c": 4,
|
||||||
|
"alpha": 2,
|
||||||
|
"d": 0.3,
|
||||||
|
"phi": 1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Geometry": {
|
||||||
|
"blockcount": [
|
||||||
|
2,
|
||||||
|
4,
|
||||||
|
4
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"blocksize": [
|
||||||
|
200,
|
||||||
|
100,
|
||||||
|
100
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Settings": {
|
||||||
|
"randomseed": 0,
|
||||||
|
"timesteps": 5000,
|
||||||
|
"statusoutput": 1
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"WriteActions": ["ParallelVTK_Cells", "ParallelVTK_Displacement"],
|
||||||
|
"Writers": {
|
||||||
|
"CellInfo": {
|
||||||
|
"field": "",
|
||||||
|
"groupsize": 0,
|
||||||
|
"steps": 1,
|
||||||
|
"writer": "CellInfo"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ParallelVTK_Cells": {
|
||||||
|
"field": "cells",
|
||||||
|
"outputtype": "UInt32",
|
||||||
|
"printhints": false,
|
||||||
|
"steps": 100,
|
||||||
|
"writer": "ParallelVtkImage"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"ParallelVTK_Displacement": {
|
||||||
|
"writer": "ParallelVtkImage",
|
||||||
|
"outputtype": "Float32",
|
||||||
|
"field": "dynamicecm",
|
||||||
|
"components": [
|
||||||
|
0,
|
||||||
|
1,
|
||||||
|
2
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"steps": 100
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Include": "measurements/strong/config_filling_1.json"
|
||||||
|
}
|
||||||
107
experiments/scripts/gen/weak.py
Normal file
107
experiments/scripts/gen/weak.py
Normal file
@ -0,0 +1,107 @@
|
|||||||
|
import copy
|
||||||
|
import json
|
||||||
|
|
||||||
|
from dataclasses import dataclass
|
||||||
|
|
||||||
|
configurations = [
|
||||||
|
(1, 1, 1),
|
||||||
|
(1, 1, 2),
|
||||||
|
(1, 2, 2),
|
||||||
|
(2, 2, 2),
|
||||||
|
(2, 2, 4),
|
||||||
|
(2, 4, 4),
|
||||||
|
(4, 4, 4),
|
||||||
|
(4, 4, 8),
|
||||||
|
(4, 8, 8),
|
||||||
|
(8, 8, 8)
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
with open("templates/spheroid_weak.json") as template_file:
|
||||||
|
template = json.load(template_file)
|
||||||
|
|
||||||
|
SIZE_X = 400
|
||||||
|
SIZE_Y = 400
|
||||||
|
SIZE_Z = 400
|
||||||
|
|
||||||
|
for bx, by, bz in configurations:
|
||||||
|
nastja_config = copy.deepcopy(template)
|
||||||
|
nastja_config["Geometry"]["blockcount"] = [bx, by, bz]
|
||||||
|
nastja_config["Geometry"]["blocksize"] = [SIZE_X, SIZE_Y, SIZE_Z]
|
||||||
|
|
||||||
|
# Fill the whole domain with ECM
|
||||||
|
cells_filling = [
|
||||||
|
{
|
||||||
|
"shape": "cube",
|
||||||
|
"box": [
|
||||||
|
[0, 0, 0],
|
||||||
|
[bx * SIZE_X, by * SIZE_Y, bz * SIZE_Z]
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"value": 0,
|
||||||
|
"celltype": 0
|
||||||
|
}
|
||||||
|
]
|
||||||
|
|
||||||
|
# Place a bunch of cells in each block to keep each rank busy
|
||||||
|
for z in range(bz):
|
||||||
|
for y in range(by):
|
||||||
|
for x in range(bx):
|
||||||
|
sx = x * SIZE_X
|
||||||
|
sy = y * SIZE_Y
|
||||||
|
sz = z * SIZE_Z
|
||||||
|
cells_filling.append({
|
||||||
|
"shape": "sphere",
|
||||||
|
"pattern": "voronoi",
|
||||||
|
"count": 5500,
|
||||||
|
"radius": 75,
|
||||||
|
"center": [sx + 200, sy + 200, sz + 200],
|
||||||
|
"box": [
|
||||||
|
[sx + 110, sy + 110, sz + 110],
|
||||||
|
[sx + 290, sy + 290, sz + 290]
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"celltype": 9
|
||||||
|
})
|
||||||
|
nastja_config["Filling"]["cells"] = cells_filling
|
||||||
|
|
||||||
|
ntasks = bx * by * bz
|
||||||
|
if ntasks < 4:
|
||||||
|
nodes = 1
|
||||||
|
gpus_per_node = ntasks
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
assert ntasks % 4 == 0
|
||||||
|
nodes = ntasks // 4
|
||||||
|
gpus_per_node = 4
|
||||||
|
|
||||||
|
label = f"weak400-t{ntasks:04}n{nodes:03}g{gpus_per_node}x{bx}y{by}z{bz}"
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(f"configs/measurements/weak/spheroid_{label}.json", "w") as config_file:
|
||||||
|
json.dump(nastja_config, config_file, indent=2)
|
||||||
|
|
||||||
|
batch_config = f"""#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
|
||||||
|
#SBATCH --job-name={label}
|
||||||
|
#SBATCH --account=hkf6
|
||||||
|
#SBATCH --partition=booster
|
||||||
|
#SBATCH --nodes={nodes}
|
||||||
|
#SBATCH --ntasks={ntasks}
|
||||||
|
# Counted per node
|
||||||
|
#SBATCH --gres=gpu:{gpus_per_node}
|
||||||
|
#SBATCH --time=00:15:00
|
||||||
|
#SBATCH --output=logs/{label}-%A_%a.log
|
||||||
|
#SBATCH --error=logs/{label}-%A_%a.log
|
||||||
|
#SBATCH --array=1-5
|
||||||
|
|
||||||
|
SOURCE_DIR=/p/project/cellsinsilico/paulslustigebude
|
||||||
|
OUTPUT_DIR="/p/scratch/cellsinsilico/paul/nastja-out/{label}-${{SLURM_ARRAY_TASK_ID}}"
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "outdir is ${{OUTPUT_DIR}}"
|
||||||
|
|
||||||
|
mkdir -p "${{OUTPUT_DIR}}"
|
||||||
|
source "${{SOURCE_DIR}}/activate-nastja-modules"
|
||||||
|
|
||||||
|
srun --unbuffered "${{SOURCE_DIR}}/nastja/build-cuda/nastja" \\
|
||||||
|
-c "${{SOURCE_DIR}}/ma/experiments/configs/measurements/weak/spheroid_{label}.json" \\
|
||||||
|
-o "${{OUTPUT_DIR}}"
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(f"batch/measurements/weak/{label}", "w", encoding="utf8") as batch_config_file:
|
||||||
|
batch_config_file.write(batch_config)
|
||||||
@ -128,5 +128,19 @@ def strong_dat(db, time):
|
|||||||
for tasks, time in values:
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for tasks, time in values:
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print(f"{tasks}\t{time}")
|
print(f"{tasks}\t{time}")
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||||||
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||||||
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@timing.command()
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|
@click.option("--db", default="timings.db", help="Path of sqlite database file")
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def weak_dat(db):
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db = sqlite3.connect(db)
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||||||
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c = db.cursor()
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||||||
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res = c.execute("""
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||||||
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select tasks, avg(averagetime) as mean from timings group by tasks order by tasks asc
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||||||
|
""")
|
||||||
|
values = res.fetchall()
|
||||||
|
|
||||||
|
print("gpus\tefficiency")
|
||||||
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for tasks, mean in values:
|
||||||
|
print(f"{tasks}\t{values[0][1] / mean}")
|
||||||
|
|
||||||
if __name__ == "__main__":
|
if __name__ == "__main__":
|
||||||
timing()
|
timing()
|
||||||
|
|||||||
100
experiments/templates/spheroid_weak.json
Normal file
100
experiments/templates/spheroid_weak.json
Normal file
@ -0,0 +1,100 @@
|
|||||||
|
{
|
||||||
|
"Comments": ["Celltype Usage", "0 Dynamic ECM", "1-5 Not Used", "6 Liquid ", "7 Apoptotic cell Type ", "8 Basic Non Dividing Cell type (surrounding)", "9 Cancer"],
|
||||||
|
"Application": "Cells",
|
||||||
|
"CellsInSilico": {
|
||||||
|
"ecmdegradation": {
|
||||||
|
"enabled": "false",
|
||||||
|
"steps": 99999,
|
||||||
|
"stochastic": "true",
|
||||||
|
"probability": 0.5
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"energyfunctions": ["Volume00", "Surface01", "Motility00", "Adhesion01", "DynamicECM00"],
|
||||||
|
"liquid": 6,
|
||||||
|
"volume": {
|
||||||
|
"default": {
|
||||||
|
"storage": "const",
|
||||||
|
"value": 500
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lambda": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7.5, 7.5, 7.5],
|
||||||
|
"sizechange": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -0.05, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"surface": {
|
||||||
|
"default": {
|
||||||
|
"storage": "const",
|
||||||
|
"value": 400
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"lambda": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 5.625, 5.625, 1],
|
||||||
|
"sizechange": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -0.05, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"adhesion": {
|
||||||
|
"matrix": [
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 450],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
|
||||||
|
[0, 450, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 50]
|
||||||
|
]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"temperature": 50,
|
||||||
|
"division": {
|
||||||
|
"enabled": "true",
|
||||||
|
"condition": ["", "", "", "", "", "", "", "", "", "( volume >= 0.9 * volume0 ) & ( rnd() <= 0.00001 ) & generation < 1"]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"centerofmass": {
|
||||||
|
"steps": 1
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"signaling": {
|
||||||
|
"enabled": false
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"orientation": {
|
||||||
|
"enabled": true,
|
||||||
|
"motility": "persistentRandomWalk",
|
||||||
|
"persistenceMagnitude": 0.0,
|
||||||
|
"recalculationtime": 200,
|
||||||
|
"motilityamount": [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"visitor": {
|
||||||
|
"stepwidth": 10,
|
||||||
|
"checkerboard": "01"
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"cleaner": {
|
||||||
|
"killDistance": 20
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"dynamicecm": {
|
||||||
|
"enabled": true,
|
||||||
|
"stepsPerMcs": 100,
|
||||||
|
"pushSteps": 10,
|
||||||
|
"pushWeight": 2,
|
||||||
|
"ecmCellID": 0,
|
||||||
|
"deltat": 0.1,
|
||||||
|
"eta": 0.25,
|
||||||
|
"k0": 0.1,
|
||||||
|
"k1": 0.1,
|
||||||
|
"c": 4,
|
||||||
|
"alpha": 2,
|
||||||
|
"d": 0.3,
|
||||||
|
"phi": 1
|
||||||
|
}
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Geometry": {
|
||||||
|
"blockcount": null,
|
||||||
|
"blocksize": null
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"Settings": {
|
||||||
|
"randomseed": 0,
|
||||||
|
"timesteps": 20,
|
||||||
|
"statusoutput": 1
|
||||||
|
},
|
||||||
|
"DefineFunctions": [
|
||||||
|
"r_angle()=360*rnd()",
|
||||||
|
"r_size()=400*rnd()"
|
||||||
|
],
|
||||||
|
"Filling": {
|
||||||
|
"cells": null
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
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